L’éternel conflit entre le roi d’Angleterre-duc d’Aquitaine et le roi de France se poursuit. Le premier veut garantir la possession de ses terres gasconnes dont il a hérité de son aïeule Aliénor d’Aquitaine, et aimerait les dégager de tout hommage au roi de France. Le second veut être maître en son royaume et en chasser ce vassal trop puissant qui ne reconnaît sa suzeraineté que contraint et forcé. Le traité de Paris de 1259 avait voulu consacrer la paix par un équilibre définitif. Il ne fut qu’une pause.
Le petit fils de Saint Louis : Philippe IV le Bel ( mort en 1314) bien installé à Toulouse, veut ronger le domaine de son cousin Edouard I, grâce à ses sénéchaux (administrateurs) entreprenants, et au parlement de Paris « la Cour du Roi », interprète sourcilleux de la loi féodale, et dont la bonne foi n’est pas toujours claire.
En 1294, sous prétexte de rixes entre des marins de Bayonne (sujets du roi-duc) et des marins de La Rochelle (sujets du roi de France,) Philippe le Bel envoie des troupes occuper le duché, presque sans résistance. Mais le centre d’intérêt international se déplace vers les Flandres et l’Ecosse, et en 1303 la paix est signée, rendant le duché à son titulaire, dans les limites de 1294. Beaucoup de châteaux ont été détruits, surtout autour de Bordeaux et de Bazas. Le désordre et l’insécurité règnent partout. L’Agenais et le Condomois sont déchirés par les guerres privées et le brigandage. L’autorité centrale se délite, et les forteresses locales autorisées ou non, se multiplient.
Saint Sardos est un village de l’Agenais du roi-duc, dominant la vallée du Lot, mais a pour seigneur le Prieur de Sarlat (en Périgord soumis au roi de France). Une bastide fortifiée y avait été édifiée. Les agents du roi de France saisissent la bastide et le territoire. Les Gascons, furieux, reprennent les lieux et font pendre les officiers du roi de France. Edouard II désavoue « ses Gascons » mais l’évènement permet à Charles IV, fils de Philippe le Bel, de confisquer une nouvelle fois le duché et de faire occuper le pays. C’est la guerre de Saint-Sardos.
Edouard III à 17 ans, succède à son père à Londres dans une période de troubles. Il est petit fils de Philippe le Bel par sa mère. Il parvient à recouvrer en 1327 son duché contre indemnité, mais amputé de l’Agenais et du Condomois.
A Paris, après la mort du dernier fils de Philippe le Bel, Charles IV, en 1328, c’est un cousin Philippe VI de Valois, qui lui succède. Edouard III vient à Amiens, en 1329 prêter hommage au nouveau roi de France pour son duché de Guyenne-Gascogne, mais l’étendue des terres concernées reste ambiguë (la Bande Bordeaux-Bayonne, ou le duché comme il était avant les troubles, avec Agen et Condom.
Les incidents se multiplient sur le terrain. La restitution des châteaux au roi-duc traîne en longueur. Pourtant la paix est presque conclue en 1334 et les émissaires anglais s’apprêtent à regagner Londres, lorsque le roi de France veut rajouter aux clauses la paix en Ecosse, en soutenant les partisans révoltés contre le roi anglais. Les pourparlers sont rompus.
La diplomatie anglaise aide les Flamands à résister au roi de France et, à la Toussaint 1337, l’évêque de Lincoln vient à Paris, porteur d’un message à « Philippe de Valois qui se dit roi de France ». L’hommage d’Amiens est oublié, la succession française contestée. C’est une déclaration d’hostilité. La guerre de cent ans commence.
A cette rivalité entre rois, vient s’ajouter l’histoire des conflits entre seigneurs gascons. Les plus puissants : Béarn, Armagnac, Albret distribuent de façon variable et parfois alternée leurs hommages au roi-duc et aux représentants du roi de France basés à Toulouse. Ils tentent de consolider leur autonomie que les sénéchaux royaux veulent grignoter progressivement.
Une redistribution des cartes intervient à l’occasion de la succession de Béarn, ouverte en 1290 par la mort du vicomte Gaston qui n’a que quatre filles. Outre le Béarn (Pau-Orthez), il est maître de la moitié orientale du département des Landes (Marsan, Gabardan), de la partie occidentale du département du Gers (Eauzan), de Maubourguet et de sa région (Rivière-basse), et d’une terre entre Lectoure et Agen (Bruilhois). Les contestations et litiges entre les filles ou leurs époux s’éternisent. Ce n’est qu’à la mort de la dernière (1319) que la question semble se régler (Béarn, Marsan et Gabardan au comte de Foix, Eauzan, Bruilhois et Rivière-basse au comte d’Armagnac), mais la succession reste contestée et alimente une lutte âpre et longue qui aboutira deux siècles après, au regroupement des possession des deux adversaires (Foix-Béarn et Armagnac) au profit de la maison d’Albret.
L’influence politique de la Papauté est illustrée par le violent conflit qui oppose Philippe le Bel et le pape Boniface VIII. En 1305, l’élection du nouveau pape, sous hautes pressions française et italienne semble bloquée. Pour en sortir, un accord est trouvé sur le nom de l’archevêque de Bordeaux, un fidèle de Boniface VIII, non cardinal, et dont la famille gasconne a souffert des troupes du roi de France, à la fin du siècle précédent. Bertrand de Goth, premier pape gascon, prend le nom de Clément V et nomme rapidement des cardinaux de sa famille et de sa province.
Son successeur, Jean XXII, originaire de Cahors, s’installe en Avignon. Il continue la série des papes gascons, et remodèle la structure ecclésiastique en créant en 1317, entre autres, les évêchés de Condom (détaché d’Agen) et de Lombez (détaché de Toulouse).
Mais l’influence de la papauté sur les conflits entre Philippe et Edouard, ou entre Armagnac et Foix-Béarn, est limitée. C’est en Avignon que l’afflux des Gascons pèse sur l’histoire européenne.
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